虽然集装箱房具有诸多优点，但在城市规划中的应用仍存在一些限制，主要包括以下几个方面：

1、规划审批：集装箱房作为新型建筑形式，涉及土地使用、建筑规划等方面的问题，需要获得相关部门的审批。在实际操作中，规划审批手续可能较为繁琐，影响集装箱房的推广和应用。

2、建筑规范：集装箱房在防火、结构、防水等方面的性能可能无法完全满足现有建筑规范的要求，需要经过特殊设计和技术处理，增加了建设和维护成本。

3、土地使用：集装箱房的可移动性可能导致其在土地使用方面的限制。例如，临时用地、空地等可能不适合长期建设集装箱房，而城市规划中的绿地、公共设施用地等也可能受到限制。

4、市场接受度：虽然集装箱房具有绿色环保等优点，但部分人群可能对其外观、舒适性等方面存在疑虑，影响市场接受度。此外，集装箱房的售价和租金相对较低，可能对房地产市场产生一定冲击。

5、设计创新：集装箱房的设计和布局受到集装箱本身尺寸和结构的限制，可能无法满足多样化的需求。因此，需要设计师不断探索和创新，提高集装箱房的实用性和美观性。

6、使用年限：集装箱房的使用年限受到原集装箱材料和后期维护的影响，可能无法与传统建筑相比。在城市规划中，需要综合考虑集装箱房的使用寿命和更新改造问题。

7、环境影响：虽然集装箱房具有较好的环保性能，但在生产和运输过程中仍会产生一定的污染。在城市规划中，应尽量选择环保型材料和工艺，降低对环境的影响。

综上所述，集装箱房在城市规划中的应用存在一定的限制，需要相关部门和企业共同努力，解决相关问题，推动集装箱房的健康发展。